Si bien el sistema implica una aportación significativa a la gestión de las empresas, en la dirección de promover el incremento de la competitividad, se trata de un instrumento perfectible y que se encuentra en su fase inicial de desarrollo.

En dirección a lo anterior, tanto el contenido como la información cuantitativa (base de datos) y cualitativa deberán actualizarse de manera permanente, de acuerdo con el procedimiento que posteriormente se especifique.

A excepción de la aplicación del procedimiento de benchmarking tradicional, cuyos lineamientos se presentan en un apartado específico, en el sistema de autoevaluación cuantitativa:

• No se examinan los factores que explican las mejores prácticas promedio regionales, nacionales e internacionales.
• No se identifican los "facilitadores": medios o procedimientos mediante los cuales una empresa cualquiera puede pretender alcanzar el valor de los indicadores de las prácticas objetivo.
• Los resultados reflejan estrictamente la información proporcionada por las empresas que consultan el sistema y de las que fueron seleccionadas en la muestra piloto y general. En tal sentido la calidad de la evaluación está determinada por la coherencia y veracidad de la información recibida y capturada por el sistema.
• No olvidar que la mejor práctica para una empresa o sector determinado puede resultar de la consideración de las mejores prácticas asociadas a cada uno de los diferentes procesos estratégicos de las empresas de los diversos sectores económicos considerados. Al respecto, cuando se iniciaron los estudios aplicados de benchmarking, las empresas analizaron y seleccionaron como mejores prácticas a los de otros que se ubicaban en sectores distintos a ella.
• Si bien el sistema se orienta a comparar los resultados con la información internacional puede que en algunas ocasiones esta no sea perfectamente compatible con la nacional debido a que no se conoce detalladamente los supuestos y como fue construida la primera.

Por todo lo anterior, el administrador del sistema, no se hace responsable por virtuales daños y perjuicios que pudiera ocasionar en el usuario a propósito de las limitaciones señaladas anteriormente u otras que se pudieran presentar.